第二次チェチェン紛争において、ロシアのウラジーミル・プーチン大統領は元独立派指導者のひとりであったチェチェン人、アフマド・カディロフらを指導者に立て、チェチェンのロシア連邦構成共和国としての既成事実化を目指している。2003年10月の大統領選挙で初当選したカディロフは、独立派を「テロ集団」とする連邦政府の方針を支持していたが、2004年5月9日、その独立派のテロにより暗殺された。2004年8月29日大統領選挙が行われ、アル・アルハノフ(47)が当選した。 ロシアがチェチェンの独立を強く拒絶するのは、チェチェンの独立によって多民族国家で多くの民族共和国を抱えるロシア連邦の求心力が低下し、解体に向かうことに対する懸念が大きいからだと考えられる。また、チェチェンがカスピ海のバクー油田から黒海沿岸のノヴォロシースクへと繋がる石油パイプラインの通り道にあることも、ロシアが独立派に対し強硬な態度を取る一因であると言われている。近年は、いわゆる「イスラム原理主義」のロシア連邦内への浸透を恐れ、「対テロ戦争」の名目のもとチェチェン独立派への弾圧を強めている。
独立派のリーダーは、穏健派で独立派政権の「大統領」アスラン・マスハドフや、強硬派で独立派の野戦司令官であるシャミル・バサエフが知られていた（マスハドフは2005年3月、バサエフは2006年7月に連邦軍特殊部隊によって殺害された）。チェチェン独立派が関わったとされる多くのテロ事件は、バサエフ派によるものとされる。
2006年8月、独立派の指導者ドク・ウマロフの弟アフマド・ウマロフがグデルメスにおいて政府軍に投降した。この件に関しては当初、「ドク・ウマロフが投降」と発表されていた、後に弟であった、と訂正された。
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